財政部提出房地合一、實價課稅的方向。乍看之下，似乎這八個字是一體的，必需一氣呵成。透過房地合一，才能實價課稅。但是，另一種思考方式，則是將他們視為上下聯的觀念，拆成前面四個字和後面四個字。如果房地分離，可能實價課稅嗎？或許房地分離時的價格，才是代表課稅時應該的真正價格。這兩種解讀文字的方法，正代表了兩種稅基的概念。以下分別討論不動產的持有課稅以及交易課稅。
持有稅
房地稅基分開的目的，在於採行重課土地、輕課建物的差別稅率財產稅。這樣的稅制，被認有促進土地利用的功能。首先，透過對於土地課徵較高的稅率，理性的生產者，會以相對便宜的資本取代土地，導致較高的土地利用密度、減緩都市擴張壓力。著名的美國匹茲堡研究，就被視為支持差別稅率財產稅的主要證據。如果這樣的證據是普遍的，土地和建物價格就應該分開估算，以便課以不同的稅率。但是這樣的思維，遺漏了土地利用另外一個重要面向：土地使用管制。在建蔽和容積管制之下，透過稅賦影響土地利用的功能很難存在。因為土地利用強度已經有了上限，而且這個使用強度是考慮都市整體發展所決定的，不應該輕易改變。如果現行建物興建皆已達到最高法定使用強度，那麼房地分離課稅的土地利用功能更是無法發揮。
對於土地課徵較高稅負的另一個目的，在於提前土地開發時機；典型的例子為空地稅。當土地不使用或低度使用時，提高土地稅負應該可以增加土地的短期供給，進而促進土地利用，並且抑制地價上漲。然而臺灣都市空地開發的主要障礙，除了持有土地、等待未來開發外，複雜的持分產權等其它因素往往更是關鍵。況且短期土地供給增加，是否可能減少中、長期土地供給數量，從而推升中、長期土地價格，都缺乏實證研究來檢視。根據這樣的論述，透過土地建物稅基分離課稅，想要達成的提高土地使用密度、以及提前土地開發時機的功能，就都市整體土地利用來看，恐怕是難以實現的。這樣的土地利用功能，較為適用在都市早期發展而需要再開發的地區。這些地區土地最高最佳使用價值，遠超過土地現況使用價值。租稅手段的使用，是比較適合的。
除了土地利用功能之外，土地和建物的每年持有稅也是地方政府的主要稅源。這類的稅收，應該考慮行政成本以及稅基公平問題。就行政成本來看，土地和建物分開課稅時，同一不動產所需支付的稅額，必需由分別估算的稅額加總，行政成本總是較高。另外一個衡量的準則為稅基的公平性；透過稅基與市價間的比值、也就是估價比值 (assessment ratio)的分配狀況，來了解稅基與市價間的關係在各不動產間是否穩定。舉例來說：如果所有交易不動產的稅基價格都占成交價格固定百分比；例如七成或八成，那麼稅基的估價應該是公平的。相同價格的不動產，課稅的價格也相同。
如果估價比值在各不動產間差異很大，例如有些是八成、有些是五成，那麼相同價值的不動產，將會因為稅基價格不同而付出不同的稅額，這明顯地不公平。在估價比值不一致的情況下，即便法定的名目稅率相同，有效稅率卻不同。這就是稅基估價不公所造成的。估價比值在美國廣泛採用，藉以評估財產稅負公平性，操作經驗已經很成熟。但是在土地和建物分開估價、分開課稅的情況下，縱使政府分別估算出課徵地價稅和房屋稅的稅基價格，由於市場上房地同時交易，無法區別土地和建物的市場價格，估價比值的公平性衡量功能也就無法操作。
基於前述土地利用功能和估價公平衡量的觀點，現行土地、建物分離估價以及課稅的做法弊多於利，因此未來方向應以房地合併估價及課稅為原則。但是仍然應該保留房地分開的估價技術；因為土地與建物有時可能屬於不同所有權人，或是需要分開價格、以配合相關政策；例如對於某些建物加速折舊，以提供稅賦優惠等。
在房地合併課稅為原則的改革方向下，未來應該以地政機關來負責土地及建物估價，而非現行土地由地政機關、建物由稅捐機關估價的方式。地政機關不僅擁有長期估算土地及不動產價格的經驗，也負責不動產交易實價登錄的工作。應該將地政機關的地價單位轉型成不動產估價的專業單位，提供政府各部門不動產市場資訊，以及各種政策需要下的不動產估價。
交易稅
不動產交易時，稅基分別為土地增值以及建物的財產交易所得。就課稅外觀來看，不動產交易時課徵的稅屬於資本利得稅。由於資本利得稅是對於已實現利得課稅，因此沒有估價的問題，而是查核交易價格的問題。既然房地同時交易，自然無法區別出土地和建物的利得。其實除非兩次交易期間曾經新建、增建或修繕建物，增加建物的價值，否則建物只會逐漸折舊，價值定無增加的可能。就此觀點來看，所有不動產的資本利得都來自土地。所以一個對於現制變動最小、甚至不用修法的方式，是將所有資本利得歸於土地增值稅。建物則因為只有折舊價損，自然沒有資本利得的問題。
另一個必須處理的問題是：土地交易的資本利得，是否應該和其他所得適用不同的稅率。長期以來土地增值稅稅率都較高，但是前次修法時，已將最高稅率與綜合所得稅率拉齊。資本利得稅率如果太高，可能導致資本外流，影響資本投入產業，有礙經濟成長。然而，這個論點並不太適用於土地或不動產市場。在其他市場中，流入的資本可以提供產業擴張所需。但是投資在不動產上的資本，無法藉由相同機制增加土地的供給量。在供給缺乏彈性的情況下，資本的流入只會推升不動產價格，不會產生前述其他市場資本流入的好處。
接下來要問的就是：上漲的不動產價格，有益於整體社會嗎？有些研究認為：不動產價格上漲可能帶來財富效果；也就是即便沒有交易，不動產所有者因為資產價值上升，而覺得自己變的富有，因此增加消費，帶動了經濟成長。另外就是不動產產業的火車頭效果：不動產相關產業很多，因此不動產交易熱絡時，可以帶動相關產業，提高整體經濟產值。但是這兩個效果，在臺灣都缺乏證據的支持。
根據前述的討論，未來不動產交易產生的資本利得，可以在維持現制下，完全由土地增值稅來課取。但是不動產的資本利得，仍然應該與其它所得分開課徵，而且課以較高的稅率。因為土地無法增加，過多的資本流入徒增價格上漲。不動產價格上漲帶來的住宅可負擔能力降低、財富分配惡化等壞處，應該是遠高於未獲證據支持的財富以及火車頭效果。
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